La trama continúa inmediatamente después del devastador final de la Parte 2. Con la declaración de Eren Yeager de que él "luchará" por la libertad, el mundo se encamina hacia la destrucción total. El especial se centra en la alianza formada por Mikasa, Armin, Levi y los sobrevivientes de la Brigada de Reconocimiento y los Guerreros de Mar, quienes deben detener a Eren y evitar el exterminio de la humanidad fuera de la isla de Paradis.